پیش از پرداختن به قوت ها و ضعف های صندوق های بورس و صندوق های مشترک ، تفاوت های مهم ساختازی آنها مورد توجه قرار می گیرد .با وجود این که صندوق های بورسی در چار چوب شرکت های سرمایه گذاری نزد مقام ناظر ثبت می شوند در برخی موارد با صندوق های سرمایه گذاری مشترک متداول تفاوت هایی دارند که می توان آن ها را به شرح زیرعنوان کرد:

-سهم الشراکه صندوق های سرمایه گذاری مشترک بر حسب نوع ساختار حقوقی می تواند به صورت سهام یا واحد سرمایه گذاری منتشر و در اختیار سرمایه گذاران گذاشته شود اما سهم الشرکه صندوق های بورسی عموماً در قالب سهام است .

-برخلاف صندوق های مشترک یا تراست های سرمایه گذاری معمولی ، سرمایه گذاری نهادی سهام صندوق های بورسی را ایجاد می کند که بلوک مشخصی از اوراق بهادار را نزد صندوق بورسی سپرده گذاری کرده و در قبال آن ، تعداد ثابت و معینی از سهام صندوق را دریافت می کند.در مرحله بعد ، تمام این سهام یا مقداری از آن را در بورس به فروش می رساند . سرمایه گذار نهادی می تواند اوراق بهادار سپرده گذاری شده را از طریق بازخرید/ابطال همان تعداد سهام صندوق ، از صندوق بورسی  دریافت کند که بدین ترتیب ، یک معامله غیر نقدی صورت می گیرد. در صندوق های سرمایه گذاری مشترک و تراست های سرمایه گذاری متداول، رویه متفاوتی وجود دارد .

-سرمایه گذاران خرد ، سهام صندوق های بورسی را تنها پس از پذیرش در بورس و بعد از اینکه سرمایه گذاری نهادی آنها را عرضه کر د، می توانند به قیمت بازار خرید و فروش کنند این رویه دقیقاً مشابه خدید و فروش سهام سایر شرکت های پذیرفته شده در بورس است. بر خلاف سرمایه گذار نهادی ، یک سرمایه گذار جزء نمی تواند سهام صندوق خریداری یا ابطال کند ، در حالی که سرمایه گذاری صندوق های سرمایه گذاری مشترک را از طریق کانال های مختلف توزیع خریداری کنند که از جمله آنها می توان به مراجعه مستقیم به صندوق یا از طریق کارگزار مربوط اشاره کرد، در صورتی که در مورد صندوق های بورسی ، سرمایه گذاران تنها از طریق بازار و با مراجعه به کارگزاران می توانند اقدام به سرمایه گذاری کنند .البته دادوستدهای مربوط به بازار اولیه سهام صندوق بورسی ، که صندوق طرف خرید یا باز خرید سهام است ، در قالب فروش یا باز خرید واحد های ایجاد و انتشار صورت می گیرد .

-صندوق های سرمایه گذاری مشترک ، در بورس پذیرفته نمی شوند و واحد های سرمایه گذاری آنها در فهرست سهام بورس درج نمی گردد؛ در حالی که سهام صندوق های بورسی در بورس پذیرفته می شود و مورد معامله قرار می گیرد.

-واحد های سرمایه گذاری صندوق های سرمایه گذاری مشترک تنها در پایان ساعات معاملاتی و پس از تعطیلی بازار قابل خریدند اما سهام صندوق های بورسی در طول ساعات کاری بازار قابل معامله اند.

-در قیمت گذاری سهام دو نوع صندوق ، تفاوت وجود دارد . قیمت سهام  واحد های سرمایه گذاری مشترک بر اساس NAV تعیین می شود و سرمایه گذاران با این قیمت، می توانند واحد های سرمایه گذاری صندوق های بورسی در بازار سهام تحت تأثیرعرضه و تقاضا تعیین می شود و این قیمت می تواند متفاوت با NAV سبد اوراق بهادار موجود در صندوق باشد. کلیه سرمایه گذارانی که در طول یک روز معین، سفارش خرید یا ابطال سهام واحد های سرمایه گذاری مشترک تسلیم کنند، به ازای هر سهم  واحد سرمایه گذاری، مبلغ برابر و معادل NAV هر سهم را پرداخت یا دریافت می کنند، در صورتی که در مورد صندوق بورسی، ممکن است مبلغ دریافتی یا پرداختی دو نفر به ازای یک سهم در یک روز معین اما ساعات مختلف ، با یکدیگر برابرنباشد و جتی مبلغ هر دوی آنها با  NAV و قیمت بازار بسیار اندک است؛ زیرا اشخاص ثالث و تحلیل گران بازار به فاصله های کوتاه زمانی در طول روز ، یک رقم تقریبی را برای NAV همان لحظه تعیین می کنند که این معیار غالباً ارزش نمایه طی روز نامیده می شود. هنگامی که قیمت سهام صندوق بورسی به مقدار قابل توجهی بالاتر از ارزش نمایه قرار می گیرد، سرمایه گذاراران نهادی تصمیم به عرضۀ سهام صندوق بورسی موجود در فرصتی سود آور تلقی می کنند و در صدد فروش سهام صندوق بورسی موجود در سبد خود در بازار می گیرند. همچنین، سرمایه گذاران جزء این وضعیت را فرصتی سود آور تلقی می کنند و در صدد فروش سهام صندوق های بورسی برمی آیند. بر عکس، هنگامی که قیمت سهام صندوق به میزان قابل توجهی پایین تر از ارزش نمایه باشد، سرمایه گذاران تصمیم به خرید سهام صندوق بورسی در بازار می گیرند و تقاضای بازار را بالا می برند.

چنین اقداماتی موجب می شود که قیمت تعیین شده در بازار، همواره نزدیک به NAV  صندوق باقی بماند و تفاوت زیادی بین این دو مبلغ وجود نداشته باشد. همچنین، اگر قیمت صندوق های بورسی کم شود ، فرایند عکس آن صورت می گیرد ، یعنی مدیر سبد اوراق بهادار ، بازخرید اوراق صندوق بورسی را انجام می دهد و تعادل برقرار می شود.  وجود بازار گردان ها و معامله گران در بازار می تواند تضمین کننده این وضعیت باشد که شکاف زیادی بین قیمت بازار و خالص ارزش بر آوردی دارایی ها ایجاد نشود قیمت بازاری سهام صندوق های بورسی و ارزش خالص دارایی های آنها را مد نظر دارند و معاملات خود را بر اساس آن، انجام می دهند